En el ámbito de trabajo interinstitucional e interagencial, el UNFPA también conforma diversas instancias que tienen relación con su misión y su mandato. En este sentido, se trabaja coordinadamente al interior de los siguientes espacios:

• Mesa Tripartita contra la Explotación Sexual Infantil: Conformada en preparación a la Cumbre de Yokohama, realizada en diciembre de 2001, y a raíz de la necesidad de aunar esfuerzos en torno a esta problemática, dar seguimiento a los compromisos nacionales e internacionales y facilitar la coordinación intersectorial e interinstitucional en esta área de trabajo. Representando al Estado se encuentran los ministerios de Educación y Cultura, Justicia y Trabajo, Relaciones Exteriores y el Ministerio Público, así como la Secretaría de Acción Social, la Secretaría de la Mujer de la Presidencia de la República, la Municipalidad de Asunción, la Fiscalía del Menos y el Poder Judicial. De parte de la sociedad civil, participan la Coordinadora por los Derechos de la Infancia y la Adolescencia (CDIA), la Coordinación de Mujeres del Paraguay (CMP) y la Coordinadora por la Erradicación del Trabajo Infantil. Por las agencias de cooperación participan Defensa del Niño Internacional (DNI), ECPAT Internacional, Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF), Fondo de Población de las Naciones Unidas (UNFPA), Organización Internacional del Trabajo (OIT), Plan Internacional y Focall Point.

• Mesa de Cooperantes en Descentralización: El objetivo de este espacio es aunar esfuerzos y concertar acciones en acordar un marco común de trabajo en el tema de la descentralización, determinar su alcance, componentes, de manera a coordinar las tareas en este ámbito. Integran esta mesa, la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI), Agencia de Cooperación Japonesa (JICA), Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID), AVINA, Cooperación Técnica Alemana (GTZ), Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF), Fondo de Población de las Naciones Unidas (UNFPA), Organización Panamericana/Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS), Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) y Unión Europea (UE).

• Comisión Nacional de Vigilancia de la Salud y la Mortalidad Materna: En la búsqueda de articular esfuerzos para trabajar en torno a esta problemática se creó este comité el año 2000, a instancias de la Dirección General de Programas de Salud del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social. En la misma se reúnen las direcciones generales de Programas de Salud, de Vigilancia de la Salud, de Planificación y Evaluación del Ministerio de Salud; la Facultad de Ciencias Médias de la Universidad Nacional de Asunción (Cátedra de Ginecología y Obstetricia), Hospital Nacional, Hospital Infantil San Pablo, Instituto de Previsión Social, Centro Parguayo de Estudios de Población e Instituto Andrés Barbero. Los organismos de cooperación –que cumplen el rol de asesores técnicos del mencionado Comité- que activan en este espacio son la Organización Panamericana de la Salud (OPS), Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF), Fondo de Población de las Naciones Unidas (UNFPA), Agencia de Cooperación de los Estados Unidos (USAID) y el Proyecto de Salud Materna del Banco Internacional de Reconstrucción y Fomento (BIRF).
  Este sistema de vigilancia busca establecer en base a las evidencias detectadas (altos índices de mortalidad) acciones de prevención y de promoción de la salud tales como: Educación y concejería para la planificación familiar y el cuidado neonatal, servicios de anticoncepción voluntaria, control prenatal y postnatal, asistencia del parto en los servicios, cuidado del recién nacido, antinconcepción postparto y postaborto, detección precoz de las infecciones de transmisión sexual y del cáncer genital femenino, entre otras.